W obrębie tego układu najważniejszymi zaburzeniami są: atonia pęcherza moczowego i impotencja. Niedowład pęcherza moczowego jest typowym objawem neuropatii układu autonomicznego. Stwierdza się zaleganie moczu, sięgające nieraz kilku litrów, bez widocznej przeszkody. Z reguły dochodzi wówczas do zakażenia dróg moczowych. To powikłanie występuje częściej u mężczyzn w starszym wieku. Impotencja jest też jednym z częstych objawów uszkodzenia autonomicznego układu nerwowego w cukrzycy. U mężczyzn z długotrwałą chorobą i innymi objawami neuropatii stwierdza się ją prawie w 50% przypadków. Rozwija się stopniowo i jest trwała. Dochodzi do zaburzenia erekcji i ejakulacji (ejakulacji wstecznej), natomiast libido ulega rzadziej zahamowaniu. Występuje oligospermia, aczkolwiek w wielu przypadkach objętość i skład nasienia nie ulegają większym zmianom. Charakterystycznym objawem jest zmniejszenie lub wręcz zniesienie bólu przy ucisku jąder. Wyniki badania biopsyjnego jąder są różnie interpretowane, przeważa jednak pogląd o niewielkich tylko zmianach w liczbie komórek śródmiąższowych. Rokowanie co do poprawy w tej postaci impotencji jest złe. Należy od niej odróżnić przejściową impotencję, jaka występuje w cukrzycy w okresach niewyrównania metabolicznego. Może ona pojawić się w każdym okresie choroby, także przed jej rozpoznaniem i ustępuje z chwilą poprawy stanu chorego.