Zaburzenia czynnościowe, spowodowane neuropatią wegetatywną, można wykazać na całej długości przewodu pokarmowego, jednak tylko nieliczne ujawniają się klinicznie i sprawiają dolegliwości. Wspólną cechą zaburzeń W poszczególnych narządach jest hipotonia i osłabienie kurczliwości mięśni gładkich, w niektórych także zmniejszone wydzielanie soków. Poza uszkodzeniem nerwów cholinergicznych i adrenergicznych prawdopodobne jest także zaburzenie czynności licznych w przewodzie pokarmowym nerwów peptydergicznych. W obrębie przełyku stwierdza się zwolnienie i spłycenie skurczów pierwszorzędowych, poszerzenie światła i zmniejszenie napięcia zwieracza wpustu. Rzadko jednak występuje dysfagia. Żołądek jest również hipotoniczny, poszerzony, wolniej się opróżnia i towarzyszy temu hipotonia dwunastnicy. Często stwierdza się zmniejszenie kwaśności soku żołądkowego. Dolegliwości są skąpe i sprowadzają się do braku apetytu i uczucia pełności w nadbrzuszu. Przedłużenie czasu opróżniania się żołądka może jednak opóźniać wchłanianie jelitowe glukozy i jeżeli się tego zjawiska nie uwzględni w przypadku wstrzykiwania insuliny, mogą występować stany hipoglikemiczne. Należy zaznaczyć, że obserwowany dość często w cukrzycy typu 1 zanikowy nieżyt błony śluzowej żołądka nie jest skutkiem neuropatii wegetatywnej, lecz wyrazem bardziej ogólnych zaburzeń immunologicznych, które w tym typie cukrzycy występują . Bezobjawowo przebiega także atonia pęcherzyka żółciowego, którego objętość może być kilkakrotnie większa niż prawidłowego i który znacznie stwierdzono zmniejszenie wyrzutu wodorowęglanów i enzymów z sokiem trzustkowym po stymulacji trzustki sekretyną i cholecystokininą, proporcjonalne do czasu trwania cukrzycy. Przyczyna upośledzenia czynności zewnątrzwydzielniczej trzustki w długotrwałej cukrzycy nie jest ostatecznie wyjaśniona, ale pod uwagę bierze się uszkodzenie nerwów zaopatrujących ten gruczoł. Najbardziej dokuczliwą dolegliwością ze strony przewodu pokarmowego na tle neuropatii wegetatywnej jest biegunka (enteropathia diabetica). Jej tło neurogenne można rozpoznać dopiero po wyłączeniu innych przyczyn. Z reguły stwierdza się wówczas także inne objawy neuropatii układu autonomicznego, a także retinopatię i nefropatię cukrzycową. Dochodzi do kilkunastu wypróżnień dziennie stolcem śluzowym lub wodnistym, nie zawierającym krwi. Nasilenie biegunki jest największe w porze nocnej. Najczęściej występuje również nietrzymanie stolca. Rzadko towarzyszą temu bóle w podbrzuszu, wzdęcia, nudności i wymioty. Niekiedy mogą występować remisje trwające po kilka tygodni i wówczas stolec jest prawidłowy lub pojawia się zaparcie. Mechanizm występowania biegunki w długotrwałej cukrzycy nie jest dokładnie wyjaśniony. Ponieważ badanie radiologiczne wykazuje często rozdęcie pętli jelita cienkiego, przypuszcza się, że bezpośrednią przyczyną tego zaburzenia jest wzrost flory bakteryjnej w jelicie cienkim. Za taką hipotezą przemawia skuteczność leczenia przeciwbakteryjnego tego zespołu. U około 20% chorych na cukrzycę z objawami neuropatii wegetatywnej występuje zaparcie stolca, jednak nie jest ustalone, czy to zaburzenie jest wyrazem uszkodzenia unerwienia jelita grubego.