Jak dotąd, oznaczanie peptydu C we krwi znajduje zastosowanie w ocenie resztkowej czynności wydzielniczej komórek B w cukrzycy typu 1, zwłaszcza w jej początkowym okresie, w cukrzycy chwiejnej, rzadziej w niektórych postaciach cukrzycy typu 2, a poza cukrzycą — w rozpoznawaniu wyspiaka wydzielającego insulinę (insulinoma) oraz hipoglikemii wywołanej wstrzyknięciem egzogennej insuliny. W związku z tym, że głównym miejscem degradacji tego peptydu są nerki, podejmowane są próby wykorzystania jego oznaczania w ocenie wydolności tego narządu. W przypadku insulinoma dożylne wstrzyknięcie dużej dawki insuliny (0,15 j. na kg masy ciała) nie powoduje oczekiwanego zmniejszenia stężenia peptydu C w surowicy, zaś dla hypoglycaemia iactitia charakterystyczne jest skojarzenie niedocukrzenia krwi i dużego stężenia insuliny (IRI) z małym stężeniem peptydu C. Równoczesne oznaczenie we krwi obwodowej peptydu C i IRI oraz obliczenie stosunku molarnego obu tych składników daje wgląd w dalsze losy insuliny wydzielonej przez komórki B — przede wszystkim w klirens wątrobowy tego hormonu. Aczkolwiek dłuższy okres półtrwania peptydu C oddziaływa na wartość tego stosunku, to jednak decydujący wpływ na jego kształtowanie się ma stopień pobierania insuliny przez wątrobę. Stosunek molarny PC : IRI we krwi obwodowej wynosi w warunkach podstawowych (na czczo) według różnych autorów 5—15, po zastosowaniu bodźca stymulującego komórki B szybko się zmniejsza (np. u ludzi zdrowych zmniejsza się do połowy wartości wyjściowej w 15 min po doustnym spożyciu testowej dawki glukozy), po czym wraca do wartości wyjściowej. Podejmowane są też próby oznaczania peptydu C w moczu, z którym jest on wydalany w znacznie większym stężeniu aniżeli insulina. Ten typ badań może być szczególnie przydatny w sytuacjach, w których pobieranie krwi nastręcza trudności.